In 1989 vierde de Batu-kerk haar 100-jarig bestaan en nam een delegatie van het Genootschapsbestuur deel aan de jubileumviering. Een hoogtepunt was de inwijding van de zgn. jubileumkerk op het hoofdeiland Pulau Tello, die het geschenk was van de Nederlandse lutheranen.

Van 1994 tot 2001 werd het bestuurslid en latere voorzitter ds. Uwe Hummel met zijn gezin met een bijzondere opdracht vanuit de lutherse kerk uitgezonden naar Nias en de Batu-eilanden, waar hij samen met zijn echtgenote de theologische scholing van de kerk van Nias en de Batu-eilanden hielp opbouwen. De tsunami van Kerst 2004 en de aardbeving van Pasen 2005 troffen ook Nias en de Batu-eilanden en noodzaakten behalve de samenwerkende hulporganisaties ook het Luthers Genootschap om zich naast de lopende missionaire projecten in te zetten voor noodhulp en in een later stadium voor de wederopbouw van het gebied. De giften vanuit de lutherse achterban stroomden binnen. Inmiddels is ook de restauratie van de vernielde kerkelijke gebouwen op gang gekomen.

In 2006 is in samenwerking met het Genootschap en Kerkinactie ds. Peter van Bruggen en zijn gezin uitgezonden naar Nias, waar hij als docent verbonden werd aan de Theologische Hogeschool Sundermann. In 2008 moest hij helaas wegens persoonlijke omstandigheden voortijdig zijn dienstverband beëindigen.

In januari en februari 2009 bracht een delegatie van het Luthers Genootschap een werkbezoek brengen aan de kerk van Nias en de Batu-eilanden en werden een aantal lutherse kerken op Sumatra bezocht. Bij deze gelegenheid moest de bootreis naar de Batu-eilanden vanwege het slechte weer geannuleerd worden, maar een herkansing kwam in juli 2010, toen bestuurslid Minderhoud op doorreis in Indonesië ook de Batu-eilanden heeft kunnen bereiken.

Vermeldenswaard is nog dat in september 2007 te Utrecht ds. Uwe Hummel en zijn Niassische collega ds. Tuhoni Telaumbanua gezamenlijk promoveerden met hun doctorale proefschrift en onderzoek  “Cross and Adu”, een socio-historische studie over de ontmoeting van het christendom met de inheemse cultuur op Nias en de Batu-eilanden.